La chiesa fu costruita fra 1521 e 1552, grazie a un lascito testamentario che imponeva che diventasse la sede di una Confraternita dedicata ai santi Rocco e Sebastiano, protettori contro le malattie epidemiche, in particolare la peste. Nel 1566 fu eretto l’oratorio posteriore per le riunioni di preghiera dei confratelli, mentre dopo il 1630, passata la peste manzoniana che colpì anche Cento, la chiesa fu ampliata, fu costruito l’atrio, innalzato il campanile ed edificato il portico di facciata. Fra 1764 e 1770 l’edificio subì ulteriori importanti lavori, sotto la direzione di P. A. Cavalieri. Il nuovo interno fu ornato di stucchi e capitelli lavorati dal plastificatore A. Lepori, che valorizzarono le opere d’arte ancora oggi custodite nel tempio: la pala d’altare di Orazio Lamberti “Crocifissione con la Madonna, san Giovanni Evangelista, san Rocco e san Sebastiano” (1579-80), la tela di Matteo Loves “L’angelo custode” (1625-30), la statua seicentesca in cartapesta raffigurante San Rocco.

Nell’oratorio, dopo il recente restauro, sono tornati leggibili gli affreschi con “Storie di San Sebastiano” realizzati da Nicolò Silvestri  nel 1603.

Ingresso libero. Entrate a piano terra, non ci sono barriere architettoniche